Em "Prototype" o protagonista, com seus poderes mutantes, é capaz de transformar-se em uma "réplica" perfeita daqueles que atravessam o seu caminho, roubando inclusive habilidades e poderes. Mas o processo é violento, pois ele devora suas vítimas. Mercer pode passar por qualquer superfície e destruir tudo o que aparece, o que promete generosas doses de ação.
Mercer é capaz de usar diversas armas, mas seu próprio corpo já é uma máquina de guerra: o braço, por exemplo, pode se transformar num instrumento perfurocortante e estraçalhar quem estiver pela frente.
Dentre as categorias de mutação estão: disfarce, ataque, defesa e sentidos. O disfarce permite que o protagonista, chamado Alex Mercer, adquira a forma de alguém de seu interesse para usufruir de locais e privilégios que só ela tem acesso. Ademais, os poderes e conhecimentos desta pessoa também são obtidos por Alex, possibilitando centenas de combinações. Portanto, Alex Mercer está em busca de seu passado e sua história e irá, disfarçado sob as mais diferentes formas, perseguir sua memória através de sangue e explosão.
Se os inimigos estiverem num veículo, uma alternativa é comê-los, e assumir o controle da máquina.




